Akatsuki
Jest to jedna z najsilniejszy organizacji w Naruto. Cała organizacja składa się z Missing-nin'ów, czyli każdy ninja z tej organizacji jest poszukiwany przez łowców Ninja. Głównym celem organizacji jest złapanie wszystkich demonów poczynając od jedno ogoniastego do dziewięcio ogoniastego... 

Czwórka Dzwięku
Elitarna jednostka sługusów Orochimaru. Pierwszy raz poznajemy ich w anime podczas ataku na Konohe Ukrytego Piasku i Dźwięku. Osobiście tworzą barierę, dzięki której Sarutobi i sannin mogą toczyć walkę bez zbędnego angażowania się ANBU. W skład tej drużyny wchodzą: Jiroubou, Kidoumaru, Sakon i Tayuya, jako jedyna kobieta w drużynie...

Hebi
Hebi to organizacja stworzona przez Uchiha Sasuke, mająca na celu znalezienie i zbicie Uchiha Itachiego, jednakże każdy z członków ma własny interes w przynależności. Hebi z japońskiego znaczy Wąż, Sasuke nazwał tak tę drużynę z uwagi na zamiłowanie Orochimaru do tych płazów... 

Organizacja Gatou
Organizacja która zajmowała się transportem morskim. Głównym szefem firmy jest Gatou. Tak na prawdę firma zajmuje się przewozem broni, narkotyków i innym takim rzeczom. Korporacja zostaje zniszczona głównie przez Zabuuze, gdyż to on zabija Gatou mszcząc się za poniżanie zmarłego Haku...

Siedmiu Mistrzów Miecza
Siedmiu Mistrzów Miecza z Kiri-Gakure jest to jedna z niewielu organizacji w Naruto. Bardzo mało o niej wiadomo. Autor ujawnił nam o niej tylko to, że organizacja składa się z siedmiu najpotężniejszych Shinobi Ukrytej Mgły, i że nieodłącznym elementem każdego członka jest miecz, który nosi przy sobie i używa jako główną broń...