W świecie „Naruto” istnieje niezwykła i interesująca energia zwana Chakrą. Nie jest to ani moc duchowa, ani fizyczna.
W „Naruto” ludzie oprócz podstawy budowy naszego ciała tj. Układu Krwionośnego i Układu Limfatycznego, posiadają również inny układ. Nie znamy jego nazwy, ponieważ nie została ona ukazana zarówno w mandze, jak i anime. Jest jednak pewne, że przez ten układ przepływa właśnie Chakra, która jest równie ważnym składnikiem ciała, jak krew, czy limfa.
Aby wyjaśnić, czym jest ta energia, należy jeszcze wspomnieć o tym, z czego się składa. Otóż budują ją dwa główne składniki naszej ogólnej sfery ciała i umysłu. Mowa tu o energii fizycznej i duchowej. Ta pierwsza to nic innego, jak możliwość wykonywania przez ludzi zwykłych czynności fizycznych, począwszy od skakania i skończywszy na bieganiu.
Drugi składnik to, jak wcześniej wspominałem: moc duchowa. Umożliwia nam ona „myślenie”, zapamiętywanie, koncentrację, rozwijanie inteligencji czy wiedzy. Chakra jest to połączenie tych dwóch głównych aspektów naszego ciała. Ma ona całkiem inne cechy i właściwości, które są używane w specjalny sposób przez Shinobi. Dokładniej mówiąc: Ninja za pomocą Chakry w swojej ciele mogą wykonywać najróżniejsze GenJutsu lub NinJutsu.
Aby uwolnić Chakrę należy się dobrze skoncentrować oraz dokładnie zmieszać ze sobą energię fizyczną i mentalną. Tak tworzy się Chakrę, która jest bezbarwna i nie widać jej gołym okiem. Po tym, jak się ją wyprodukuje, zaczyna ona płynąć po specjalnie stworzonym dla niej układzie, doprowadzającym tą energię do każdego zakątka ciała. Każdy Ninja ma określoną pojemność Chakry. Jedni maja jej mniej, drudzy więcej. Zależy to od intensywności i jakości treningu. Aby zwiększać produkcję tej mocy w swoim ciele, trzeba trenować zarówno aspekty fizyczne (mięśnie, stawy, ścięgna), jak i duchowe (poprawa koncentracji, szybszego reagowania czy błyskawicznej oceny sytuacji).
Za pojemność Chakry odpowiedzialna jest energia fizyczna, zaś za jej „jakość” energia mentalna, dlatego tak ważne jest trenowanie obu tych składników.
Jak już było wspomniane, Chakra płynie po specjalnie dla niej wytyczonym układzie, który składa się z cieniuteńkich żyłek i tętnic. Oplatają one ważniejsze organy, dostarczając tam potrzebnej ilości energii. Układ ten zawiera również małe otworki na całym ciele, zwane tenketsu, których jest dokładnie 64. Umożliwiają one wypuszczanie Chakry z obrębu ciała i koncentrowanie jej w poszczególnych jego częściach np. w stopach czy w rękach, co może umożliwić potężne uderzenia czy też „przyklejenie się” do pionowego podłoża np. ściany, czy drzewa.
Chakra nigdy nie przestaje płynąć w swoim układzie. Cały czas jest aktywna. Jeżeli Shinobi wyczerpie cały zapas swojej energii, to mówi się, że jego poziom Chakry został zredukowany do zera. Grozi to utratą świadomości na długi czas, a nawet śmiercią. Mimo to, w ciele takiego osobnika wciąż znajduje się trochę Chakry, która jest możliwa do użycia tylko po jej uzupełnieniu. A można to zrobić na dwa sposoby: porządnie odpocząć lub próbować zmieszać moc fizyczną i duchową za pomocą pieczęci (zazwyczaj barana). W drugim przypadku nie ma zagwarantowanego powodzenia, ponieważ, jak było wspomniane, pojemność Chakry jest stała i nie można jej zwiększyć w tak krótkim czasie.
Shinobi, który posiada wystarczające pokłady tej mocy, może wykonać Jutsu. W tym celu składa pieczęć lub wiąże ich kilka w dość szybkim tempie. W taki sposób Chakra zostaje przygotowana do uwolnienia i odpowiednio zmieszana. Później wystarczy wypowiedzieć nazwę techniki i zabrać się za jej wykonanie.
Energię tą można mieszać w różnych częściach ciała np. w płucach (najczęściej przy wykonywaniu technik Katon), rękach (Chidori) czy też nawet umyśle (przeważnie podczas używania Jutsu pokroju Suiton, w celu nakierowania strumienia wody w przeciwnika)
Aby technika została dobrze wykonana, potrzeba intensywnej koncentracji, dokładnego zmieszania Chakry i uwolnienia jej w odpowiednich ilościach. To ostatnie jest najważniejszym elementem, bowiem jeżeli Ninja użyje zbyt dużo energii, Jutsu może kompletnie nie wyjść, zaś jeżeli uwolni jej zbyt mało, to można się spodziewać ujrzenia techniki o bardzo słabej sile. 

A oto sposoby wykorzystywania Chakry:

1. NinJutsu – energię miesza się za pomocą składanych pieczęci i transportuje do danej części ciała. Później pozostaje już tylko odpowiednie wykonanie techniki. NinJutsu dzieli się na pięć podgrup, a mianowicie chodzi tu o pięć głównych żywiołów świata, ponieważ to właśnie na nich opiera się używanie tego rodzaju Jutsu.
Katon – techniki tego typu polegają przede wszystkim na przetransportowaniu Chakry do płuc i tam przemienieniu jej w ogień. Następnie wypuszcza się różne płomienne strumienie, które mają inne zastosowania, właściwości i moc. Wyjątkiem jest Amaterasu.
Suiton – podczas wykonywania tych Jutsu Shinobi przeważnie transportuje Chakrę do swojego umysłu, aby za jego pomocą kierować równymi strumieniami wody.
Raiton – tutaj Ninja koncentruje Chakrę w ręce (Chidori, Kirin), na całym ciele (Chidori Nagashi).
Fuuton – w tym przypadku można skoncentrować Chakrę w płucach, aby ją następnie wypuścić w postaci wielkiego tornada, czy podmuchu lub też w innych częściach ciała, aby wytworzyć np. tornado. Temari transportuje Chakrę do swojego wachlarza, aby wytwarzać potężne wichury, czy podmuchy.
Doton – podczas używania tych Jutsu, Shinobi koncentruje swą energię najczęściej w stopach lub rękach, aby następnie przyłożyć je do podłoża i wykonać różne ewolucje związane z trzęsieniami, załamaniem gruntu itp.
Każdy Ninja posiada swój „życiowy żywioł”, którym się najczęściej posługuje i wykonywanie technik w jego zakresie przychodzi mu najłatwiej. Przykładowo, jeżeli życiowym żywiołem danego Shinobi jest ogień, to z łatwością wykonuje Jutsu rodzaju Katon.
Ma zaś problemy z innymi żywiołami. Oczywiście można się nauczyć technik z innego typu, ale przychodzi to z o wiele większą trudnością.
Niektórzy Ninja potrafią łączyć Chakrę dwóch żywiołów, tworząc całkiem nowy typ. Są to najczęściej Shinobi z jakiegoś klanu, posiadającego Kekkei Genkai m.in. klan Haku, potrafiący posługiwać się złączeniem Suiton i Fuuton, czyli Hyouton (lód), Senju (klan Shodaime), który połączył Suiton i Doton, tworząc Mokuton (Drzewo). 


2. GenJutsu – przy wykonywaniu jakiegokolwiek GenJutsu nie potrzeba wiązać pieczęci, choć jest to wskazane. Shinobi kontroluje swoją Chakrę i wpuszcza ją w pobliże aury i umysłu przeciwnika, kontrolując w ten sposób jego zmysły i wywołując iluzje lub halucynacje. Można tak sparaliżować przeciwnika, zaskoczyć go, a przy wykonaniu niezwykle potężnego GenJutsu (np. Tsukiyomi) zabić.
Takie Jutsu można przełamać, „wyganiając” Chakrę przeciwnika ze swojego umysłu za pomocą swojej energii.


3. Techniki medyczne i używanie Chakry do zabierania jej przeciwnikowi – podczas używania medycznych Jutsu, medyk tak wykorzystuje Chakrę, że za jej pomocą może leczyć rany. Yoroi, szpieg Orochimaru i uczestnik Egzaminu Selekcji Chuunin, posiadał Kekkei Genkai, za pomocą którego mógł zabierać Chakrę przeciwnikowi, używając do tego celu tylko i wyłącznie swojej energii. Ta technika to Chakra Kyuuin no Jutsu.




4. Juuken – specjalny rodzaj TaiJutsu zwany „Miękką Pięścią”. Został on wynaleziony i udoskonalony przez klan Hyuuga. Za pomocą Byakugana są oni w stanie wypatrzeć tenketsu u wroga. Następnie koncentrują swoją Chakrę w dłoniach i za jej pomocą, celnymi uderzeniami, są w stanie zablokować tenketsu przeciwnika, uniemożliwiając mu dalsze wykonywania NinJutsu, czy GenJutsu.




5. Kugutsu no Jutsu – technika polegająca na skoncentrowaniu swojej Chakry w palcach i wypuszczenia jej w postaci cienkich nici. Za ich pomocą można kontrolować różne przedmioty, najczęściej marionetki o wysokim potencjale bojowym. 


W „Naruto” oprócz zwykłej, przezroczystej Chakry, mogliśmy ujrzeć dwa, inne jej typy, które cechują się odmiennymi, potężniejszymi, właściwościami.

Pierwszym przykładem jest Chakra demonów, a w szczególności Kyuubiego. Bijuu posiadają swoją specyficzną, unikalną energię, która jest niewyobrażalnie potężna i gigantycznie przewyższa mocą ludzką Chakrę.
Działanie takiej „demonicznej energii” mogliśmy ujrzeć, podczas wykorzystywania mocy Kyuubiego przez Naruto.
Chakra 9-ogoniastego cechuje się przede wszystkim tym, że jest widoczna i że jest wyczuwalna na duże odległości. Podczas używania tej energii lub podczas przeżywania silnych emocji, z ciała Uzumakiego po prostu „wypływa”, omijając tenketsu. Chakra o czerwonym zabarwieniu, która jest niezwykle gęsta i przytłacza przeciwnika. Może przybierać również przeróżne postacie np. ogromne ręce miażdżące przeciwnika lub ochrona przed upadkiem. Nazywane jest to „Powłoką Kyuubiego”. Ta Chakra ma niezwykle potężną moc, za jej sprawą drastycznie podwyższają się wszystkie umiejętności bojowe. Wykonywane techniki również mają wtedy potężniejszą siłę i inaczej wyglądają. Przykładowo, Rasengan jest zabarwienia granatowego, zamiast błękitnego.

Drugim rodzajem takiej „ponadludzkiej” chakry jest energia, którą produkuje Przeklęta Pieczęć (CS). Posiadacz CS, aktywując pieczęć, wytwarza wokół siebie specjalną, potężniejszą od ludzkiej, Chakrę o granatowym zabarwieniu. Nie zawsze widać ją gołym okiem. Ta moc daje użytkownikowi o wiele większe możliwości i podwyższa potencjał bojowy.


Chakra zatem jest to niezbędna rzecz, która zarówno utrzymuje życie, jak i jest wykorzystywana do celów bojowych. Niestety, nie wszyscy są w stanie ją uwolnić. Jest to po prostu wina genów lub kompletny brak talentu. Takimi przykładami są: Rock Lee, Maito Gai. Tacy Ninja muszą się wówczas poświęcić tylko i wyłącznie trenowaniu TaiJutsu.